当基因检测遭遇"性别谜案"和"污染难题"——云康专利技术揭开背后真相

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2025-06-23 14:29:01 • 公司新闻

近日，云康集团•广州达安临床检验中心迎来好消息——其自主研发的项目“一种测序样本污染的分析方法、装置、系统及存储介质”成功获得国家知识产权局发明专利授权，标志着云康在精准诊断领域的专业水平获权威认可。

恰在此时，云康精准医学中心接收了一例关于子宫内膜癌的“离奇”病例，当基因检测遇上临床谜题，中心如何运用这项最新专利技术深度解码？接下来，带你一探究竟↓

系统警示：发现异常

近日，在一例“宫益康”子宫内膜癌70基因检测项目中，下机检测数据在性别质控和合子一致性两项指标上均不合格。云康生信质控系统显示该患者基因检测结果呈现为“男性”，与其临床确认的女性身份相矛盾；同时，其肿瘤组织与血液样本的合子一致性仅为67.8%，远低于正常水平。这究竟是怎么回事？

【生信质控报警通知】

性别矛盾：预测性别男，系统录入性别女；

合子一致性异常：67.8%<90%。

反馈湿实验技术组和精准技术助理排查收样及实验流程，确认收样与实验流程环节操作无误。患者性别与临床确认核实确定为女性，谜团亟待破解。

案例分析：深入勘查

本次子宫内膜癌70基因检测项目送检样本为组织+对照血液双样本。进一步分析质控不合格情况，IGV复核组织和对照样本SRY基因均有检出且覆盖reads数上千条（见图1），组织样本和血液样本均检测到Y染色体上SRY基因，与送检信息女性这点不符。组织和血液对照合子一致性：67.8%<90%。

疑点1：组织和血液对照样本的合子一致性很低，需要确认是否为同一个人。

疑点2：组织和血液对照样本均为男性，与患者性别不符，但同时送错两个样本（组织样本和血液对照样本）的概率很低。

图1：组织和血液对照SRY基因的IGV复核图

云康精准医学中心通过自研算法对panel中数百个SNP位点（panel设计时挑选MAF接近0.5的SNP位点）进行分析，可以对样本被污染状态和污染比例做一个推测。

先确认疑点1

所有SNP的MAF都为0.5的情况下，两个无关个体某个SNP分别为野生型与纯合型的概率（即VAF为0%-100%或100%-0%的概率）为1/8，所以这类SNP的个数占全部SNP个数的比例的期望值为1/8，即假设有200个SNP位点则平均会有25个SNP为这一类型。该组织样本与血液对照样本中这类SNP个数（见图2）为0，基本可以排除无关个体，考虑为样本大比例污染导致的合子一致性差。

图2：肿瘤组织和血液对照SNP无0%-100%或100%-0%突变丰度的匹配

再确认疑点2

发生性别不符后首先考虑送错样本或者实验室搞混样本，但由于前面确认了组织样本和血液对照样本为同一人，同时送错两个样本或搞混后两个样本还能对上的可能性非常低，且收样与实验环节经过反复确认无误，那么最可能的原因就是样本大比例污染。由于患者为女性，检测到SRY是有可能由于污染导致的，如果患者接受过干细胞移植，则可以解释两个样本中都检出SRY，这也能解释组织和血液样本的合子一致性很低。

通过对比组织样本和血液对照样本的SNP分布的情况，可以发现组织样本的SNP有很多VAF分布在25%和75%附近的位点，SNP的频率偏离0%-50%-100%有很多种可能的原因。由于这里分布在25%和75%附近的位点数较多（见图3），与我们算法中的污染模式较为相符，推测污染的可能性较大，且可以推测污染源为单一样本，污染比例在50%左右。